Kishimoto 1974. november 8-án született Okayama-ban első ikertestvérként. Öccse Kishimoto Seishi. Mind a két 

fivér mangaka. Seishi nevéhez a 666Satan, Kishimoto nevéhez pedig a Naruto fűződik. Eme manga/anime futótűzként terjedt szét a világon, hatalmas jövedelmet hozva a piacon is. A fiú világéletében maximalista volt.

Általános iskolában a rajzolás megszállottja volt, főként más mangák (pl.: Doraemon, Dragonball) karaktereit vetette papírra. Hatalmas rajongója volt az Akira Toriyama által megalkotott Drangon Ball-nak. Gondolatai inkább a manga, mintsem a tanulás körül forogtak. Első történetét öccsével karöltve csinálta meg, melynek címe Mustardman (Mustárember). Ötleteket a Jumps magazinból szerzett, melyre akkoriban nem volt pénze, így barátaitól kérte kölcsön az újságot (az újság kb. 190 Yen-be, forintba átszámolva úgy 311 FT-ba kerülhetett). Általános iskolai évei alatt döntötte el, hogy olyan híres mangaka akar lenni, mint Akira, illetve ekkortájt alkotta meg a Hiatari-kun-t.

A Junior High középiskolában belevágott a baseball játékba, ideje nagy részét az töltötte ki. Emelett tanulni is jóval többet kellett, így nem maradt ideje a rajzolásra. Mégis visszatért ehhez az elfoglaltsághoz, miután meglátta egy hirdetőtáblán Katsuhiro Ootomo Akira című alkotását. Lenyűgözte a látvány, az volt a legszebb rajz, amit addigi életében látott. Ezek után megpróbálkozott Ootomo stílusának felvételével, de nem sikerült neki, rajzai teljesen különböztek a többi mangakáétól. A középiskola végén létrehozta 31 oldalas mangáját. Sem édesapjának, sem testvérének nem tetszett a munkája, ennek ellenére mégis beküldte a Jump Magazine pályázatára, ahol nem aratott valami nagy sikert. A 39 fős osztályból ő 38. lett, így nem mehetett tovább főiskolába. Azonban a rajzolással tovább foglalkozott, nem adta fel álmát, hogy mangaka lehessen.

Végül a kemény munka meghozta gyümölcsét, hiszen 1996-ban kiadták Karakuri című mangáját, majd 1999-ben a Jumpnál a Narutot, amely azóta is fut. Masashi mára már egyike a legnépszerűbb mangakáknak, Naruto című művét világszerte fordítják.