Történet

12 évvel a történet kezdete előtt Avarrejtek egyik legnagyobb ninja falva, Konoha elkeseredett harcot vívott a rettegett kilencfarkú rókadémon ellen. Rengeteg ember vesztette életét a csatában, a szörnyeteg hatalmas károkat okozott. Végül Namikaze Minato-nak, a Negyedik Hokage-nak sikerült megállítania a fenevadat. Egy tiltott technikát használt, mellyel a rókát újszülött fiába zárta. Ez a fiú volt Naruto. Anyját is elvesztve Naruto szülők nélkül nőtt fel, állami gondozottként. Minato azt szerette volna, hogy fiát hősként tiszteljék, akár egy megmentőt, de ennek ellenkezője történt. A falubeliek utálták, mert a démont látták benne, megvetették és kiközösítették. A szülők utálata a gyerekeikre is átszállt, így Naruto-nak sosem voltak barátai, magányosan nőtt fel. Sérmei miatt Naruto-ban kialakult egy vágy, hogy az emberek tiszteljék őt és felnézzenek rá, így azt a célt tűzte ki maga elé, hogy ő lesz a hokage. Lehetetlennek tűnő álma miatt az emberek csak kinevették, mert Naruto nem volt tehetséges, a Ninja Akadémián is háromszor megbukott. A fiú elkeseredett helyzetét kihasználva Mizuki, az egyik akadémiai tanár rávette Naruto-t, hogy lopja el a Tiltott Technikák Tekercsét. Naruto beleesett a csapdába, ellopta a tekercset, és elsajátította belőle az Árnyékklón technikát, amellyel később megmentette oktatóját, Umino Iruka-t. Iruka volt az egyetlen ember, aki nem a démont látta Naruto-ban, annak ellenére, hogy szüleit a szörnyeteg ölte meg. Elismerése jeléül Iruka Naruto-nak ajándékozta az Avarrejtek jelet szimbolizáló fejpántját, amely azt jelképezi, hogy Naruto ninjává lett. Itt kezdődik a történet. Naruto-t, ahogyan a többi frissen végzett diákot is, 3 fős csapatokba osztották. Naruto a hetes csapatba került, Haruno Sakura és Uchiha Sasuke mellé, csapatkapitányuk és egyben mesterük pedig a titokzatos Hatake Kakashi, a másoló ninja lett. Naruto fülig szerelmes egyetlen női csapattársába, a lányt azonban nem igazán foglalkoztatja ő, sokkal inkább harmadik csapattársuk. A tehetséges Uchiha-fiút pedig főhősünk teljes szívéből utálja, amiért minden alkalommal gúnyt űz belőle, s riválisként tekinte rá.

A csapat ezek után küldetéseket teljesít, és rengeteg edzésen megy keresztül, hogy méltó ninják legyek falujuk számára. Mindenki egyre erősebb és erősebb lesz, beleértve Naruto-t is, aki több alkalommal is bizonyítja, hogy nem mindennapi erővel és kitartással rendelkezik. A történet folyamán számtalan új karakterrel ismerkedhetünk meg, mind-mind más személyiséggel, származással, és képességekkel.